Церковь была первоначально построена в 1707 году по заказу Александра Меншикова. Авторами проекта в современных изданиях называют Ивана Зарудного, предполагают участие Доменико Трезини, группы итальянских и швейцарских мастеров из кантонов Тичино и Фрибур и российских каменотёсов из Костромы и Ярославля.

Самое раннее из сохранившихся зданий петровского барокко в Москве, Меншикова башня была существенно изменена в 1770-х. Церковь функционировала только летом, зимой службы проводились неподалёку, в церкви Феодора Стратилата, построенной в 1782—1806 гг. Церковь Святого Феодора Стратилата также имела колокола. Несмотря на свою высоту, Меншикова башня колоколов не имела.

Оба храма с 17 июля 1948 года принадлежат Антиохийскому подворью.

История

Первая церковь во имя архангела Гавриила на этом месте была впервые упомянута в записях переписи 1551 года. К 1657 она была перестроена в камне, и была увеличена в 1679. Двадцать лет позже влиятельный государственный деятель Александр Меншиков консолидировал земельные участки к югу от современных Чистых прудов. Церковь Архангела Гавриила стала домовой церковью его семьи, которая проживала в соседнем квартале с запада, на месте нынешнего Центрального почтамта.
Реконструкция первоначального вида башни, выполненная К. К. Лопяло

В 1701 году Меншиков отремонтировал старую церковь, а в 1704 году — приказал снести. Меншиков поручил общее руководство строительством Ивану Зарудному. Доменико Трезини, подчинённый Зарудного, был из европейских мастеров (из семей Fontana, Rusco, Ferrara и пр. из кантона Тичино), но через полгода он был отправлен в Санкт-Петербург. Новая церковь была структурно завершена к 1707 году, высота составила 81 метр и сравнилась с высотой колокольни Ивана Великого. Здание первоначально имело пять уровней с каменным (нефом, квадратную башню и три нижних восьмиугольных уровня; два верхних восьмиугольника были построены из дерева). В 1708 башня приобрела 50 колоколов и английский часовой механизм. Оно было увенчано 30-метровым шпилем с ангелом в форме флюгера. Первоначальное здание Меншиковой башни в Москве было богато украшено декоративной скульптурой, но большая её часть была утрачена в XVIII веке.

В 1710 году Меншиков был назначен губернатором Санкт-Петербурга и бросил все свои московские проекты, забрав большинство мастеров с собой. Работа над интерьерами башни замедлилась; частные владения Меншикова внутри храма были перестроены в обычный алтарь.

В 1723 году в башню ударила молния, и пожар полностью уничтожил верхнюю деревянную часть с часами. Колокола упали, раздробив деревянные потолки и уничтожив интерьеры нефов (частично). Боковые алтари, однако, выжили и продолжают действовать в то время как главная башня стояла обезглавленной до 1773 года. В 1773—1779 башня была восстановлена масоном Г.З. Измайловым и приобрела свою нынешнюю форму: вместо воссоздания разрушенного верхнего восьмиугольника, новые архитекторы заменили его компактным, но сложным куполом в стиле барокко. Вазы по углам первого восьмиугольника, установленные в 1770-х, заменили собой утраченные статуи 1723 года; позднее вазы регулярно менялись, нынешние выполнены из бетона. Окна восьмиугольных сводов были заполнены кирпичом, что делает монтаж колоколов невозможным. С другой стороны, оригиналы скульптурной отделки этого периода были практически утрачены (современная скульптура состоит, в основном, из цементных копий).

Здание использовалось для масонских собраний; восстановлено как храм в 1863 году, когда по распоряжению митрополита Филарета со стен были стерты масонские символы и изречения. (По другим сведениям, в 1821 году Меншикова башня была причислена к почтовому ведомству и именовалась церковью Архангела Гавриила при Почтамте как летний (неотапливаемый) храм). Трудами масона Ключарёва была построена меньшая (тёплая) неоклассическая церковь Феодора Стратилата (завершена в 1806), которая также используется как колокольня. Изданная в 1888 году книга «Москва съ ея святынями и священными достопримѣчательностям» утверждала: «В 1806 к церкви Архангела Гавриила была пристроена колокольня с приделом во имя Феодора Стратилата. В настоящее время только в этом приделе и совершается богослужение. Архангельская же церковь остаётся только как памятник времён Императора Петра.»

В самом конце XIX века почтамтское начальство отказалось от содержания церкви и она стала приходскою. Храм был закрыт в 1930-е. Существующий иконостас перенесён из церкви Преображения в Преображенском, которая была разрушена в 1960-х годах; иконостас самой Меншиковой башни по благословению Патриарха Алексия I в 1969 году передали в Успенскую церковь города Махачкалы.

Антиохийское подворье
В 1945 году на Поместном Соборе Русской Православной Церкви присутствовал Блаженнейший Патриарх Антиохийский Александр III (Тахан). Во время его официального собеседования с Патриархом Московским Алексием I было решено возобновить деятельность Антиохийского подворья. Подворью были переданы два храма, во имя Архангела Гавриила и во имя великомученика Феодора Стратилата; открытие подворья состоялось 17 июля 1948 года по завершении Совещания глав и представителей автокефальных Православных Церквей мира.

Святыни храма
В храме Архангела Гавриила замечательны иконы в местном ряду иконостаса: Архангела Гавриила в серебряной ризе и икона Богоматери Благодатное Небо слева от Царских врат.